Город является центром трёх епископств: Латвийская православная церковь — Епископ Даугавпилсский Александр Матренин, Российская православная автономная церковь — Архиепископ Даугавпилсский и Латвийский Виктор Контузоров, глава Латвийской свободной православной церкви, Евангелическо-Лютеранская Церковь Латвии — Епископ Даугавпилсский Эйнар Алпе. (Имена епископов приводятся по состоянию на 15 апреля 2008 года).

В городе имеется шесть старообрядческих храмов.

По реке Западная Двина проходит церковная граница двух епископств — Резекненско-Аглонского и Елгавского — Католической церкви Латвии, делящая город пополам: к северу от реки расположено Резекненско-Аглонское епископство, к югу от реки — Елгавское епископство.